甲型流感病毒（IAV）在全世界的鸟、猪和人当中都有分布，可导致重要的地方性疾病，感染世界各国的宿主。本研究由Andres Diaz等人进行，旨在进一步了解该病的流行病学特性，帮助未来实现更有效的控制措施。研究发表在PLOS One（网上第一公共科学图书馆）上。

IAV的分段基因组使得不同IAV在感染当中之间能够交换基因段并继续复制，从而促成可能具有大流行潜力的新奇重排IAV的出现。2009年的大流行IAV含有来自北美和欧亚流行的猪IAV的基因，从而强调了猪在IAV跨物种生态学当中的重要性。

类流感疾病首次在猪当中见报是在为1918年人类西班牙流感大流行当中，该病毒于1930年首次在猪当中分离到。目前，全世界都有IAV感染发生，这种流感在猪群中被认为处于地方性流行状态。

在美国猪群当中，IAV已经存在了几十年，1970年代以来的血清学普查一致显示，IAV在猪当中普遍存在。美国猪群中的IAV的遗传特征保持稳定，很少或没有检到病毒进化，直到1998年，在猪当中检到猪、人和禽源流感的重排H3N2病毒。后来在北美又检到新的毒株、新的亚型和多种重排病毒。

有证据显示多重人类IAV被引入，包括2009H1N1大流行病毒，注入到美国流通的IAV当中，从而大大增加了该病毒的遗传多样性。当代养猪方法和场间及地区间生猪运输加大了IAV的多样性，造成猪群中的IAV更难控制。

然而，关于猪群的IAV引入频率和维持方面的信息还很有限。

IAV感染在美国中西部很常见，并且各个猪群可能全年对多种IAV呈阳性，不论有无临床症状以及是否进行免疫接种。

尽管个体猪只的流感感染持续时间很短（5-7天），但猪群的IAV感染时间可能延长（数周或数月）。考虑到种群动态，以及IAV在猪场中流传时间延长的情况，重排的风险多半会增加。

此外，人源IAV毒株的引入会增加猪群中的病毒多样性，而这种多样性又会随着断奶猪向高密度养猪区的运输而进一步增加。

当代美国养猪业大部分采用多场式生产系统。这些系统由分工明确的、位于不同地理位置和不同生产阶段的设施构成。

繁殖至断奶（种猪）猪群进行繁殖、妊娠和分娩。大约21日龄，仔猪被断奶，并运输到保育场或断奶-肥育场，分别养到10周龄或出栏。

在种猪群里饲养更新动物（后备母猪）、繁殖母猪和仔猪。除了那些成批分娩的种猪场，典型情况下仔猪每天都有出生，每周的出生窝数占分娩舍母猪群的40％。

繁殖母猪每年更新率45％～55％，更新后备母猪按计划定期引入，全场的后备母猪在1至10周内引入。作为结果，种猪群具有很高的周转率，这样就造成了猪群对IAV易感性的波动。

先前研究显示，从繁殖母猪身上发现到IAV不容易。然而，其他亚群体（后备母猪和哺乳仔猪）当中的IAV感染动态可能会影响IAV在种猪群的维持，或造成新奇毒株的出现。

在本研究当中，作者们的目的是确定美国中西部5个存在IAV感染的种猪场当中最不稳定的亚群当中的IAV感染规律，以便理解种猪群当中的这些亚群作为新的IAV感染来源的相对重要性。

尽管猪在IAV生态学当中扮演着关键角色，但人们对猪群当中IAV的流行病学知之甚少。

要想制定有效策略来控制猪群内和猪群间的IAV感染、降低IAV感染从猪传染给人的风险，就必须获得这样的信息。

每月对每个猪群进行采样，连续一年，每次造访采集30个个体鼻腔涂样，这些涂样来自3个亚群：

1.更新后备母猪，到场不足4周（新的后备母猪）

2.更新后备母猪，到场超过4周（后备母猪）

3.不到21日龄的新生仔猪（仔猪）。

采用实时逆转录聚合酶链式反应（RRT-PCR）检测IAV，并通过混合罗杰斯梯回归模型对不同IAV感染和猪的亚群之间的相关进行测量。

从141个族群的生猪收集了鼻腔涂样（n = 4,190）。至少，在19.9％（n=28）样本族群中发现了一个IAV阳性鼻腔涂样，而全部鼻腔涂样中有7.7％（n = 324）检测结果为阳性。

经过年度季度和采样之后，新后备母猪和仔猪群IAV阳性风险比后备母猪群分别高7.9（95％ CI 1.4, 43.9）倍和4.4倍（95％ CI 1.1, 17.1）。

结果显示，在种猪群中，新后备母猪和仔猪IAV检测结果呈阳性的机会比后备母猪群更高，并且季节对猪群IAV感染有影响。

根据这些发现，建议的IAV控制策略的目标应该是在后备母猪转入猪场之前，以及仔猪断奶之前预防感染。